世界三大自然之谜是科学界上最难以解释的谜团，分别是天启大爆炸、通古斯大爆炸、印度死丘事件，这三起事件都有很多人专家学者感到疑惑的地方，也有很多很难用现代科学来解释的事情，历来各路专家学者都提出自己对于事件原因的猜想，但始终没有一个可以让人信服的，世界三大自然之谜到底有多神秘呢？
据当时的参考消息《天变邸抄》描述：“天启丙寅五月初六日巳时，天色皎洁，忽有声如吼，从东北方渐至京城西南角，灰气涌起，屋宇动荡。须臾，大震一声，天崩地塌，昏黑如夜，万室平沉。东自顺城门大街，北至刑部街，西及平则门南，长三四里，周围十三里，尽为齑粉。屋数万间，人二万余，王恭厂一带糜烂尤甚。僵尸重叠，秽气熏天；瓦砾盈空而下，无从辨别街道门户”。而震声南至河西务，东至通州，北至密云、昌平，甚至远距京城数百里的遵化、宣化、大同、山西广灵县及天津等地都发生剧烈震动。“京城中即不被害者，屋宇无不震裂，狂奔肆行之状，举国如狂，象房倾圯，象俱逸出。遥室云气，有如乱丝者，有五色者，有如灵芝黑色者，冲天而起，经时方散”。又及，“两万多居民非死即伤，断臂者、折足者、破头者无数，尸骸遍地，秽气熏天，一片狼藉，惨不忍睹”。一时间人畜、树木、砖石突然腾空而起，不知去向。
爆炸力之大，乃至炸飞的“大木远落密云”，石驸马大街上有一五千斤重的大石狮竟被掷出顺成门外，其后“木、石、人复自天雨而下，屋以千数，人以百数”，在爆炸中，“所伤男妇俱赤体，寸丝不挂，不知何故”，而且“死者皆裸”。 事后有人入京报告，西安门附近落下铁渣滓，人们的衣物飘至西山上或东北郊，高挂树梢，昌平的州教场中，衣物、银钱、首饰、器皿也零散一地。王恭厂事件爆炸威力之大，撼天动地之巨，远非火药库失事或地震引起灾变所能解释。然而值得一提的是，爆炸中心却“不焚寸木，无焚烧之迹”。
据说这一场碎尸雨，一直下了两个多小时。木头、石块、人头、断肢，还有各种家禽的尸体，纷纷从天而降，其中尤以德胜门外落下的人臂、人腿更多。皇帝明熹宗正在乾清宫用早餐，突然地动殿摇，起身便冲出乾清宫直奔交泰殿，情急间“内侍俱不及随，只一近侍掖之而行”，途中“建极殿槛鸳瓦飞堕”，近侍的头部遭飞瓦击碎而当场死亡，紫禁城中正修建大殿的工匠，因“震而下堕者二千人，俱成肉袋”。皇贵妃任氏宫中器物纷纷坠落，襁褓中的太子朱慈炅当日身亡。
1.地震说
据史料记载，京畿仅明代就大小震百余起。虽官方未明确此灾变为地震所致，但灾变前后如“大震一声”、“殿震”、“震撼天地”、“时息地震”、“震后”等种种迹象与地震均有诸多相符之处。
2.龙卷风说
龙卷风具有突发性和毁灭性特点，经常发生在春末夏初季节。就王恭厂事件的灾害范围及“僵尸重叠，秽气熏天；瓦砾盈空而下”之景看似为此风所致。
3.陨石说
文献中记载“有声如吼”，“但见飙光一道，内有大光”，“忽大震一声，裂逾急霆”，“深坑数丈”，“烟云直上”，“巨石空中飞注如雨”，“烟尘障空，白昼晦冥”，“西安门一带皆霏落铁渣，如麸如米”的情形，与陨石冲向地球时，和大气层摩擦形成的火花、火球，及撞击地面造成的震动与响声等现象相当吻合。
4.火药爆炸说
由于王恭厂火药库正是灾变中心，故灾后就曾有人说：“王恭厂不戒自焚，致都城之扰”。再加上王恭厂爆炸造成“天崩地塌，昏黑如夜，万室平沉”和巨大的伤亡现象，及王恭厂制造火药的特殊性，让很多人相信此事件是王恭厂黑火药引爆所致。
100多年前，西伯利亚通古斯地区出现一次超猛烈爆炸事件，导致方圆50公里范围内的树木夷为平地。此次爆炸被认为是彗星或者小行星高速穿过地球大气层导致的，相当于185颗广岛原子弹爆炸，使压力和热量快速增多。但是迄今并未发现任何碰撞陨坑的迹象，科学家对此颇感困惑，部分目击者描述称，当时天空裂成两半，但是最新研究并未找到解释答案。
科学家进行了多项研究试图揭晓1908年6月30日通古斯爆炸之谜，通古斯是西伯利亚一个偏远地区，这里冬季漫长寒冷，夏季短暂，环境不适宜于人类居住。据英国广播公司报道，通古斯爆炸存在诸多解释理论，其中包括：ufo理论、超自然现象，以及各种类型的神秘事件，但它们多数缺少科学依据。一些科学家甚至猜测一个黑洞与地球发生碰撞，然而其他专家很快推翻了该观点。
1.陨石撞击
第一位来到通古斯爆炸现场的前苏联科学家认为是一颗陨石穿过地球大气层撞击到地面引发的大爆炸，并通过计算机模拟出来当时的画面，但是经过对现场的查考似乎没有发现有陨石残骸的踪迹。
2.核爆炸
大家都知道原子弹的威力，造成的巨大威力足以毁灭一切，而通古斯大爆炸带来的巨大声响、冲天的火柱、蘑菇云、强烈地震、冲击波都在预示着这是一场核爆炸引起的大爆炸。
3.外星人
有人认为通古斯大爆炸是来源于地球之外的生物所为的，有人认为是外星人在造访地球时因为飞船爆炸引起的巨大冲击波，也有人认为是外星人利用激光探测地球。
4.反物质
1965年美国有三位科学家提出通古斯大爆炸是因为从太空来到地球的一种反物质造成的，这个反物质组成的陨石落入地球之后造成化学反应，产生的威力跟原子弹相当。
5.彗星撞击
第一位提出彗星撞击说的是前苏联的科学院院士，认为通古斯大爆炸是一个来自遥远地方的彗星以每小时4万公里的速度撞击大气层产生高热能的气体，这气体一接触地面就瞬间爆炸产生巨大冲击波。
6.黑洞
美国有两位科学家认为在通古斯有一个小型的黑洞存在，在黑洞穿出地球的时候向外散发出大量的X射线和U射线，而在霍金的理论中黑洞的治疗越小蒸发就快，所以在到达地球的时候就已经蒸发了。
4000年前的摩亨佐达罗城为何在某一刻全部毁灭，作为被科学家列为世界上难解的三大自然之谜之一的“死丘事件”，大约发生在距今3600多年前的某一天，位于印度河中央岛屿的一座远古城市的居民几乎在同一时刻全部死去，古城也随之突然毁灭。直到1922年，印度考古学家巴纳尔仁才第一次发现了这座古城的废墟，因城中遍布骷髅，所以称之为“死丘”。
摩亨佐达罗是印度河流域最大的文明古城，位于今巴基斯坦信德省拉尔卡纳县境内，在当地方言中，摩亨佐达罗的意思是“死亡之丘”。该城遗址于1922年被印度考古学家拉·杰·班纳吉等人首次发现，根据碳14测定，其存在年代为公元前2500年～公元前1500年间，虽然其历史比古埃及和美索不达米亚略晚，但影响范围更大。在距摩亨佐达罗城几百英里以外的北方，人们也发现了布局相同的城市和规格一致的造房用砖。
死丘事件是发生在三千六百多年前，印度河中央岛屿一座远古城市摩亨佐达罗城在瞬间毁灭的事件。本城原本是个高度文明的城市，但整个城都一齐突然毁灭。考古学家又发现，那里有曾经发生过猛烈爆炸，而且在那些尸骨里，前苏联科学家还发现了一具骨骸该骨骸检测到的放射性水平比正常高出50倍！
1.黑闪电
前苏联一些科学家研究过之后，认为摩亨佐达罗城并不是因为核子爆炸而毁灭，他们认为是一种叫黑闪电的天文现象造成。黑闪电又或者叫黑色闪电，是一种非常罕见的自然现象，它是由于大气里面经过太阳辐射、宇宙射线和电场之后形成的活跃微粒，这些微粒在电磁场反应之下，又会聚在一齐，好似滚雪球似的越滚越大，变成一个又大又细的球。这些球有分冷球同亮球，冷球由于不会发光，反而掉转发暗，只有在白天才看的到，所以科学家就叫它做黑闪电，而亮球就会发光。
2.核子爆炸
美国原子弹之父罗伯特·奥本海默看过摩亨佐达罗城的记载之后，认为它说的和核子弹袭击没什么分别。再加上考古发现现场有核爆相同的幅射含量，所以有人估计是当时发生核子爆炸，甚至认为史前文明曾经有过核技术。英国科学家杰汶波尔和意大利科学家温琴季提出一个惊人的假说：莫恒卓达罗城遭受了日本广岛1945年的命运。他们认为，虽然城市建在一条有充足水源的河流岛上，却没有发现任何洪水灾害的痕迹。相反，种种迹象却表明这里曾经发生过一场大规模的火灾。
